祥子与祐巳的感情缓慢而柔和地发展着，祐巳在山百合会帮忙，协助蔷薇们处理学生会的事宜，和岛津由乃、藤堂志摩子的友情也进一步加深。通过情人节和毕业典礼等活动，在圣母玛利亚的面前，大家结下了羁绊。圣母在上的故事，就是围绕着山百合会的女孩们的小故事。