与游戏王系列的前几部不同，本次动画将以13岁的初中生九十九游马作为主角。天性善良冲动、拥有无限斗志的他，某天遇见了来自异世界的神秘生命体Astral。他们的相遇不但预示着无限的可能性，游马也将就此展开一段全新的传说。