时为十六年前。戴着面具的神秘男人将巨大的魔兽·九尾解放出来，遭受九尾袭击的木叶忍者村面临毁灭的危机。守护村子的方法只有一个。身为村子首领的第四代火影·水门，与其妻·玖辛奈一起，将九尾封印至出生不久的儿子·鸣人身上。二人以牺牲自己的生命为代价，才终于拯救了村子，并将其未来托付给了鸣人。 之后，时光流逝……。恐怖的忍者集团“晓”的成员，佩恩、小南、鼬、鬼鲛、蝎、迪达拉、飞段、角都等人，对木叶忍者村展开了袭击！鸣人等人奋力迎击来敌。然而，为何本该已死的“晓”成员会再度来袭？虽然残留着这个疑问，达成危险任务的忍者们还是得到家族的赞赏。但另一方面，连父母的相貌都无从得知的鸣人，感到了无比的寂寞……正在此时，面具男在木叶忍者村突然现身了。