冒险的舞台在关东。少年小红从口袋妖怪研究所的大木博士那里得到了搭档小火龙，并与他一起展开大冒险。　　小红的目的就是为了帮博士完成，口袋妖怪图鉴的收集工作。因此他和小火龙一起和各种口袋妖怪相遇并战斗。　　在战斗中，小红遇到了作为对手的小绿，并和其一起与火箭队展开战斗。为了与火箭队的BOSS坂木展开对决，他们在去挑战的过程中与各种未知的口袋妖怪相遇！