在曾繁荣的填海造陆城市巣笼，男主角阿行胜平生活在这里。不知为何，他拥有了感觉不到疼痛的身体 。暑假将至，一位神秘少女园崎法子告诉他，他已经被疼痛共享的系统选中，成为了“羁绊者”。连接这个系统的人即为kiznaiver“羁绊者”。当系统中的一人在受到伤害后，痛觉将会被传送到每一位羁绊者身上。这个故事讲诉的，就是少年少女们之间相互背负的羁绊的故事。