忍者杀手 故事讲述了在与忍者争斗中被杀死妻子的工薪一族藤木户健二，在自己濒死之时被谜一般的忍者灵魂附身。捡回一条命的藤木户决心化身为“ 忍者杀手 ”，投身到追杀忍者、展开复仇的行动中。在近未来都市新埼玉的舞台上，一场 忍者杀手 对决忍者的死斗就此开启。