《飞天小女警2016》讲述遗传工程学家尤教授将蜜糖和香料及各种甜美的材料混在一起，不小心将神秘的化学元素X也加了进去了，结果就创造了三位模样可爱、嫉恶如仇的飞天小女警。尤教授分别给她们取名为花花、泡泡、毛毛。尽管三位小女警看上去和幼儿园里的小娃娃差不多，但是她们已经近乎无敌。因为她们不但能在天上地下来去自如的飞、还拥有闪电一般的速度与力量，甚至还有X光般的视线。在尤教授的注视下，三个迷你超级英雄将用她们的超能力打击罪犯，保卫小镇免于遭受坏蛋的破坏